在uni-app中更改应用的版本号，需要修改manifest.json配置文件中的相关设置。具体步骤如下：

1. 打开项目根目录下的manifest.json文件。
2. 寻找到versionName和versionCode字段。
3. versionName是应用版本名称，通常遵循主版本号.次版本号.修订号的格式，例如1.0.0。当你发布新版本时，应根据变更的内容适当更新这个值。
4. versionCode是应用版本号，必须是一个整数。每次更新应用时，这个数字都必须增加，以确保新版本被正确识别为更新版本。

例如，如果你想将版本号从1.0.0更新到1.0.1，并且版本代码从1更新到2，你需要在manifest.json中做如下更改：

{
  // ... 其他配置 ...
  "versionName": "1.0.1",
  "versionCode": 2
  // ... 其他配置 ...
}

完成更改后，保存manifest.json文件，并重新打包应用。这样，应用的新版本就会带有更新的版本号和版本名称。